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Firas Hammami

Docteur en Bioinformatique

Aix-Marseille Université

Biographie

Bonjour! Je suis Firas Hammami. Je viens de finir mon doctorat en Bioinformatique et Génomique à Aix-Marseille Université, qui est encadré par Elisabeth Remy (Institut de Mathématiques de Marseille, I2M) and Pierre Mandin (Laboratoire de Chimie Bactérienne, LCB).

Je m’intéresse à l’approche de modélisation mathématique (surtout le formalisme logique) et à son application aux systèmes biologiques, dont la régulation de la biogenèse des centres Fer-Soufre chez la bactérie modèle Escherichia coli. Cette approche de modélisation mathématique me permet de mieux comprendre les régulations complexes impliquées dans les processus biologiques, et c’est ce qui me passionne dans tout ça!

Sur ce site, vous allez voir que je suis passionné par deux autres choses: l’enseignement et la création de vidéos. Pour info, j’ai été le fondateur d’une collaboration pour un concours de vulgarisation de la bioinformatique nommé Bioinfuse, où nous avons gagné le 1er prix pour l’édition 2017.

Intérêts

  • Biologie des systèmes
  • Modélisation logique
  • Bioinformatique
  • Biologie du Développement
  • Microbiologie

Formation

  • Doctorat en Bioinformatique et Génomique, 2019

    Aix-Marseille Université

  • Master de Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique, 2015

    Aix-Marseille Université

  • Master en Sciences de la Vie, 2014

    Université de Nice Sophia Antipolis

Compétences

R

Statistics

Python

Java

Création de vidéos

Sony Vegas / After Effects / Inkscape / GIMP

Modélisation Logique

GINsim / MaBoSS

Biologie

Biologie moléculaire / Microbiologie

Expérience

 
 
 
 
 

Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche

Aix-Marseille Université

Sep 2018 – Aug 2019 Marseille

Cours: Statistiques pour la biologie -L3 Biologie Cellulaire (96h CM/TD/TP)

  • Moyenne, variance, écart-type
  • Lois statistiques, probabilités (Loi normale, Théorème Central Limite)
  • Tests de comparaison de 2 échantillons (Student, Wilcoxon-Mann-Whitney)
  • Tests de comparaison de k échantillons (ANOVA, Kruskall-Wallis)
  • Test de corrélation (Pearson)

Mes responsabilités:

  • Préparation des cours
  • Préparation des examens
 
 
 
 
 

Etudiant en Doctorat

Aix-Marseille Université

Oct 2015 – Dec 2019 Marseille

J’ai utilisé l’approche de modélisation logique pour mieux comprendre la régulation de la biogenèse des centres Fer-Soufre en fonction de l’environnement (Fer/Oxygène) chez la bactérie Escherichia coli. Une description complète de ma thèse sera bientôt disponible.

Cours donnés durant ma thèse:

  • Programmation orientée objet - Master 2 BBSG (40h TD/TP)
  • Analyse Statistique de données biologiques - Master 1 BBSG (15h CM/TP)
  • Informatique pour la biologie - L1 Sciences de la vie (96h TD/TP)
  • Bioinformatique appliquée - L2 Sciences de la vie (41h TD/TP)
 
 
 
 
 

Master 2 - BBSG

Aix-Marseille Université

Jan 2015 – Jun 2015 Marseille
Modélisation logique de la régulation du gène erpA dans la bactérie modèle Escherichia coli.
 
 
 
 
 

Master 2 - Sciences de la Vie

Université de Nice Sophia-Antipolis

Jan 2014 – Jun 2014 Nice
Caractérisation de nouvelles cibles de la voie TGF-$ß$ Nodal via une approche transcriptomique chez l’oursin Paracentrotus lividus.

Succès

Vidéo gagnante

Vulgarisation de la Bioinformatique par une vidéo de 5 mn (en français)
Voir certificat

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